Solche Fehler eingrenzen ist immer sehr schwer. Da Du an der CPU rumgefummelt hast, würde ich den Fehler zunächst da vermuten und auch darauf tippen. Wärmeleitpaste oder ähnliches könnte eine Ursache sein.

Der Klassiker: Alle unnötigen Komponenten ausbauen und das System testen und versuchen, das Problem einzugrenzen.