Die Quelldateien sind also 36 GB? Naja, eventuell braucht der für die Konvertierung dann auch in etwa diese Größe an freiem Speicherplatz im Temp-Ordner, wenn du also auf C: keine 50 GB oder so mehr frei hast, würde ich einfach mal versuchen, jeden Clip einzeln zu konvertieren.
Weiß allerdings nicht ob das klappt, hab das Programm noch nie genutzt.