Da du bereits einen Virus drauf hattest ist die Wahrscheinlichkeit erhöht, dass da noch immer irgendwas im Busche ist. Zumindest scheinen einige Systemeinstellungen kaputt gemacht worden zu sein. Hier scheinen ein paar Einstellungen des IE kaputt zu sein.
Es gibt einige Tools, die die Sicherheitseinstellungen des IE zurücksetzen. Eventuell hilft es auch, manuell die aktuellste Version des IE drüber zu installieren.
Google vielleicht erstmal, wie man alle Sicherheitseinstellungen des IE zurücksetzt, und führe das durch.