DLAN ist neben den aufgeführten Punkten auch Müll, weil es die Stromleitungen des Hauses in eine riesige Antenne verwandelt, und somit auch diverse andere Geräte und Netze stören kann. Das strahlt dann auch zig mal stärker durch die Gegend als WLAN oder andere Sachen vor denen die Elektrosmogempfindlichen ja immer so Angst haben.

Zum Kabel: Mit Rechner und Problemkabel ohne Switch bekommst du also definitiv 31MBit down hin? Dann kriegt der zumindest 100MBit noch hin. Hat dein Switch oder die FritzBox unten ein extra Lämpchen um zu signalisieren, ob es mit 10 oder 100MBit auf dem Port arbeitet? Das wär recht hilfreich.
Zur Netzconfig: Wie ist das jetzt genau? DHCP sollte nur in der Fritzbox aktiviert sein, die am Internet hängt. Die 2. Fritzbox sollte mit einem ihrer LAN-Ports mit den Netzwerk verbunden sein, nicht dem WAN Port. Dann sollte DHCP deaktiviert sein, und manuell eine IP vergeben sein. Wenn die Fritzbox die Option bietet, LAN und WLAN in unterschiedliche Subnetze zu packen, muss das deaktiviert werden. (Option heißt glaube ich "Alle Computer befinden sich im selben Netz" -> aktivieren!)
Config dann z.B.
Fritzbox am Inet: 192.168.0.1
Fritzbox oben: 192.168.0.2, kein DHCP Server aktiv
DHCP Range in der Fritzbox am Inet: 192.168.0.100-200

Allerdings kann die Config ja momentan nicht so falsch sein, denn wie ich es verstanden hab tritt das Problem ja schon auf, wenn du oben den Switch zwischen Rechner und die FBox unten klemmst, und die obere FBox komplett aus dem Spiel lässt.