Ich würde einfach raten und sagen, dass der, anstatt ne neue boot.ini zu erstellen, einfach die alte boot.ini geändert hat. Das würde das soweit eigentlich erklären.
Davon geh ich auch aus, schließlich hatte ich so ein komisches OS-Auswahl-Menü schon vorher (zur Auswahl stand die 40er Installation und ein verwaister Eintrag) und nun ist eine dritte Auswahl hinzugekommen. Das Auswahl Menü taucht natürlich nicht mehr auf, sobald die 40er-Platte ausgebaut ist.
Da ja anscheinend ein boot.ini-durch-die-gegend-verschieben zu einfach ist, werd ich wie gesagt wohl einfach die Installation wiederholen, aber eben ohne Einbau der alten Festplatte.
Danke für die Hilfe