Ich würde einfach raten und sagen, dass der, anstatt ne neue boot.ini zu erstellen, einfach die alte boot.ini geändert hat. Das würde das soweit eigentlich erklären.

Zu den SATA-Treibern kann ich folgendes sagen: Ich hatte auch Probleme mit der Erkennung meiner SATA, aber das lag nicht an den Treiber, sondern ich musste die vorher einmal mit ner bootfähigen CD formatieren. Und ich hab ne verdammt alte XP-CD (habs aber auch mit neueren versucht).

Dann zu den Laufwerksbuchstaben: Die kannst du doch in XP ändern. Systemsteuerung -> Verwaltung -> links "Computerverwaltung" -> links "Datenträgerverwaltung" -> Rechtsklick auf die Festplatte und "Laufwerksbuchstaben und Pfade ändern". Hab ich zwar jetzt in Vista nachgeguckt, sollte aber in XP ähnlich gehen, da ich es da auch schon gemacht habe.
Ich weiß zwar nicht ganz, wie das helfen sollte, aber so geht es ohne umständliche BootCD.

Das ganze ist meine nicht-fachmännische Meinung dazu^^