also ich hab dich so verstanden:

du willst am liebsten eine art ordner z.b. mit einem bestimmten album und den ziehst du dir dann auf deinen ipod, ganz unkompliziert?

wenn ja geht das mit itunes super, da du wiedergabelisten erstellen kannst und diese vom ipod auch unterstützt werden.
dazu importierst du ganz normal deine mp3s in die itunes bibliothek, also die goße liste wie du oben schreibst.
würde diese wiedergabelisten schon allein deswegen verwenden, weil du dann die beste option hast deine alben auf dem ipod zu nutzen und zu verwalten.
die sache mit den richtigen ordnern auf dem ipod musst du vergessen, das geht zwar ist aber umständlich und von apple für den ipod nicht so gedacht.

importier deine mp3s nach itunes ganz normal, dann erstellst du links unten mit dem button ne wiedergabeliste und ziehst aus der itunes musikliste die gewünschten mü3s in die wiedergabeliste. wenn dein ipod am pc hängt müsste er dann vom itunes erkannt werden und nun ziehst du die wiedergabeliste einfach auf den ipod.
dann hast du erstens auf dem ipod unter wiedergabe listen sozusagen ne art ordner, in der die mp3s von z.b. einem speziellen album sind und sind sehr schnell erreichbar.
beim ipod hat man in der regel auch dann probleme, wenn man ne art playliste machen will, die aber aus unterschiedlichen interpreten und alben besteht. sprich du hast keinen richtigen ordner dafür und die mp3s tauchen auf dem ipod unter den künstler bzw. alben namen auf. das kann man mit den wiedergabelisten verhindern.